Στην περίπτωση έργων και δραστηριοτήτων που λαμβάνουν χώρα σε προστατευόμενες περιοχές του δικτύου Natura, η περιβαλλοντική αδειοδότηση διενεργείται με βάση τις σχετικές πρόνοιες των ειδικότερων προεδρικών διαταγμάτων και υπουργικών αποφάσεων προστασίας. Σε περίπτωση ελλείψεως σχετικών προβλέψεων:
α) για έργα κατηγορίας Β υποβάλλεται Ειδική Οικολογική Αξιολόγηση (ΕΟΑ) στην αρμόδια υπηρεσία Περιβάλλοντος της Περιφέρειας
β) για έργα κατηγορίας Α υποβάλλεται, ως τμήμα της ΜΠΕ, Ειδική Οικολογική Αξιολόγηση (ΕΟΑ) στην αρμόδια, κατά περίπτωση, υπηρεσία.